Los franciscanos y los agustinos han discutido mucho acerca de la orden a la que pertenecía la santa. Tales discusiones han llevado a los peritos a la conclusión, aceptada por ambas partes, de que la comunidad de la que santa Clara de la Cruz formó parte durante quince años, estaba compuesta de terciarias franciscanas. Llevaban éstas una vida de gran penitencia en un conjunto de ermitas, dirigidas por Juana, hermana de santa Clara. Pero cuando determinaron adoptar la vida conventual propiamente dicha, el obispo de Espoleto las puso bajo la regla de San Agustín. El convento de la Santa Cruz fue construido en 1290. A la muerte de su hermana, santa Clara fue elegida abadesa, muy contra su voluntad. Aunque su vida era ya muy austera, Clara encontró todavía el modo de redoblar sus penitencias.
Así, por ejemplo, en una ocasión en que cometió una falta contra el silencio, se impuso la penitencia de rezar cien Padrenuestros sobre la nieve con los pies desnudos. Sus palabras y ejemplo mantenían en la comunidad un alto deseo de perfección, y el recogimiento de Clara espoleaba a sus religiosas a buscar la unión con Dios. Se le atribuyen numerosos milagros, éxtasis frecuentes y dones extraordinarios; Clara los empleaba tanto para el bien de sus religiosas como de los extraños. Profesaba particular devoción a la Pasión del Señor. En cierta ocasión dijo a su hermana: «Si buscas la cruz de Cristo, no tienes más que abrir mi corazón y encontrarás en él los sufrimientos del Señor». Cuando la santa murió, en 1308, se encontró impresa en su corazón la señal de la cruz.
Fue canonizada por SS. León XIII en 1881.