Fue en el año 920 cuando se produjo la victoria de las tropas musulmanas sobre las cristianas en Valdejunquera, al oeste de Pamplona. De entre los varios prisioneros cristianos tomados por el emir se encontraba el obispo Ermogio. Se acordó un intercambio entre el obispo y este niño llamado Pelayo. Por razones que se desconocen, el precio de la libertad de Pelayo no llegó y el niño pasó como prisionero de las tropas musulmanes casi cuatro años.
El verano del año 925, cuando Pelayo tenía ya cumplidos los trece años, llegó a oídos del califa noticias de la belleza de su joven rehén y quiso conocerlo. A tal efecto, fue presentado ante el Califa vestido con ricas vestiduras, pero Pelayo se negó a abjurar de su fe cristiana y no dudó en insultar al Califa cuando éste pretendió seducirlo.
Irritado, el califa ordenó que fuera torturado para conseguir que renegara de su fe y, al no alcanzar su propósito, mandó que fuera descuartizado y sus restos arrojados al Guadalquivir. Se dice que los cristianos de Córdoba recogieron lo que encontraron del joven mártir , dándole sepultura en el templo de San Ginés y depositando su cabeza en la iglesia de San Cipriano.
Hacia el año 950, un presbítero cordobés, de nombre Raguel, escribió la “Vida de la Pasión de San Pelayo” como una narración del martirio basada en algunos de los testigos oculares. El culto a san Pelayo se desarrolló pronto en Córdoba, pero enseguida fue también venerado por los cristianos del norte. En el año 930 ya había reliquias suyas en el monasterio de Valeránica (Burgos) y en el 967 sus restos fueron trasladados a León y de allí a Oviedo en el año 994, en cuyo monasterio de monjas benedictinas actualmente se conservan. Es Patrono del Seminario Menor de Tui.