Nació en Dalías, Almería, en 1864 como el primero de doce hermanos. Sus padres eran unos humildes agricultores que eran fieles al lema: “La familia que reza unida, permanece unida”, y rezaban el santo rosario todos los días. De él dijo su abuelo materno, don Eugenio: “Yo me moriré, pero el que viva verá que este niño será un hombre importante y que valdrá mucho para Dios”.
Con diez años un canónigo, José María, tío suyo, le hizo estudiar en un Instituto de Bachillerato en la capital pero, viendo que tenía vocación sacerdotal, lo envió al seminario diocesano de Almería. En 1879 se trasladó al seminario de San Cecilio en Granada, donde terminó los estudios filosóficos, los cuatro de teología y dos de derecho canónico.
Su profesor de teología fundamental, Joaquín Torres Asensio, persona de fuerte carácter, decisión y muy influyente, rigió la vida de José María en todos los aspectos. Éste vivió con discreción y prudencia su ruptura con el prelado granadino por desavenencias, trasladándose a Madrid en 1886 como fiel compañero suyo. Se ordenó allí al año siguiente.
El 1 de noviembre de 1887 fue nombrado coadjutor de la parroquia de Chinchón (Madrid), donde en tan solo nueve meses ya empezó a tener fama de santo. La obediencia de José María, que jamás le costó, estaba guiada por la consigna: “hacer lo que Dios quiere, querer lo que Dios hace”. Antes del amanecer ya estaba en la Iglesia orando y dedicaba largas horas a la catequesis de niños. Impresionaba a todos por su austeridad y pobreza y por su caridad con los más pobres.
Paso después por Estremera, pero acabó siendo nombrado profesor de Latín, Filosofía y Teología pastoral en el Seminario madrileño. Se le designó también capellán de las religiosas Bernardas y como tal permaneció durante trece años. Siendo sacerdote diocesano secular, tenía una gran admiración por la Compañía de Jesús. Empezó así su noviciado con ellos e hizo sus primeros votos el 12 de octubre de 1908. En Granada permaneció otro año para profundizar en sus estudios teológicos mientras a la vez predicaba misiones populares y daba tandas de ejercicios espirituales.
Pasó por Sevilla donde dirigió la Congregación mariana de jóvenes, la Comunión reparadora de los militares, el Apostolado de la Oración, las Conferencias de San Vicente de Paúl y una escuela vespertina para obreros. Se decía que era exigente pero siempre con dulzura, como decía él mismo: “se cazan más moscas con una gota de miel que con un barril de vinagre”.
Tras un paso por Manresa, terminó de consagrarse a la Compañía de Jesús en Madrid. Allí siguió su intenso apostolado: confesión, misiones populares, predicación, catequesis… Hablaba sin afectación, era un orador sencillo y cercano. Consciente de lo que significa que haya sagrarios abandonados, impulsó las Marías de los Sagrarios, cuidando mucho la Hora Santa. Las gentes acudían en masa a escuchar sus sermones.
El final de su vida se avecinó con una gran tribulación interior: “No sé cómo me ve Dios. Seguro que mal, me temo. Rezad por mí. Camino lleno de confusión al ver el estado de mi alma. Mis amigos conseguirán que Jesús tenga misericordia de mí”. Siempre dijo que quería morir un primer jueves de mes y así fue. Murió de una angina de pecho el 2 de mayo de 1929. Fue beatificado en Roma en 1985, sus reliquias están en una Casa de la Compañía, en el claustro junto a la iglesia parroquial del Sagrado Corazón y San Francisco de Borja. Su canonización se llevó a cabo finalmente en 2003, durante la visita a España del Papa San Juan Pablo II.