Como hermano menor, no tuvo acceso, como los mayores, a tanta riqueza, y trata de ponerse al servicio del Papa , del emperador u otro soberano europeo para ganar prestigio y beneficios. El Papa Eugenio IV incluso le ofreció, en 1434, el título de cardenal, que él rechazó. Animado por sus hermanos mayores, acabó por darse por vencido, volviendo su atención a la lucha de la cruzada en Marruecos.
Así, en 1437 participó en una expedición militar al norte de África , comandada por su hermano mayor,el infante Enrique. La campaña resultó ser un desastre y, para evitar la masacre total de los portugueses, se estableció una rendición mediante la cual las fuerzas portuguesas se retiran, dejando al Infante como prenda del regreso de Ceuta. Sin embargo, el Infante parecía haber intuido su destino, pues cuando se despidió de su hermano Enrique, le dijo: “¡Que el rey rece por mí, que es la última vez que nos veremos!”.
Tras unas revueltas en la ciudad de Ceuta, Fernando fue llevado a la ciudad de Fez como prisionero de honor. Desde allí escribe a su hermano el infante Enrique para pedir su liberación a cambio de Ceuta. Pero la división verificada en la Corte en torno a este delicado problema y varias ocurrencias que ocurrieron con los gobernadores de la plaza fuerte llevaron a que D. Fernando tomara su cautiverio con resignación cristiana y muriera en cautiverio en Fez en 1443. Por su sacrificio en nombre de los intereses nacionales, ganaría el epíteto de Infante Santo. Su culto religioso fue aprobado en 1470.