Nació el 11 de febrero de 1858 en Lubienic, Polonia. Ingresó en el seminario diocesano de Plock en 1874. En 1882 pasó a Petersburgo, en cuya Academia de Teología obtuvo los grados. Fue ordenado sacerdote en 1881. Fue destinado al seminario, donde fue profesor, vicerrector y rector. Su tema preferido era la Sagrada Liturgia, tema al que dedicó varias publicaciones. En 1902, fue vicario general de su diócesis.
Al frente de la diócesis emprendió una importante reforma administrativa, dedicando particular atención a la educación católica (entre sus iniciativas instituyó el seminario menor ). Durante la Primera Guerra Mundial participó en organizaciones benéficas. Presidió dos sínodos diocesanos en 1927 y 1938 y fundó una sección local de Acción Católica. De 1918 a 1919 fue el primer secretario general de la Conferencia Episcopal Polaca.
El 1 de septiembre de 1939 , la invasión alemana de Polonia marcó el comienzo de la Segunda Guerra Mundial . Uno de los objetivos de los nazis era la eliminación de la clase dominante polaca. En 1940 , el obispo Nowowiejski y el obispo auxiliar Leon Wetmański fueron arrestados. Fue encarcelado en Sluck , luego en Płock, en el sótano de lo que ahora es el ayuntamiento, y en el campo de concentración de Soldau en Działdowo.
A pesar de su avanzada edad, fue sometido a muchos sufrimientos, pero pudo asistir espiritualmente a los enfermos, a los que sufrían ya los moribundos. Agotado por las duras condiciones de detención, murió el 28 de mayo de 1941 , tres meses después de llegar al campo a la edad de 83 años. Su cuerpo fue desnudado, llevado en un carro y enterrado en un lugar desconocido hasta el día de hoy.