Nació en 1647, en Borgoña, quinta hija de las siete que tuvo la familia de un notario. Se dice que con tan solo cuatro años Santa Margarita consagró su pureza al Señor, aunque sin saber muy bien qué es lo que hacía.
Al morir su padre, la llevaron a la escuela de las Clarisas Pobres de Charolles, en donde empezó su fascinación por la vida religiosa. Después de pasar una larga enfermedad, le pidió a la Virgen que le curase a cambio de hacerse una de sus hijas: “”Recibí la salud, y una nueva protección de esta Señora la cual se declaró dueña de mi Corazón, que mirándome como suya, me reprendía mis faltas y me enseñaba a hacer la voluntad de Dios”, dijo.
Con 25 años, estando en adoración al Santísimo Sacramento, tuvo una manifestación visible de Jesús. Fue la primera de muchas. Dos años después, durante la octava del Corpus, el Señor se le apareció con su corazón abierto diciendo: “He aquí el corazón que ha amado tanto a los hombres, que no se ha ahorrado nada, hasta extinguirse y consumarse para demostrarles su amor. Y en reconocimiento no recibo de la mayoría sino ingratitud”. Es la conocida como la visión del Sagrado Corazón de Jesús.
Como tantas místicas, fue puesta bajo tela de juicio y reprendida por todos. Su vida se estabilizó al tener como director espiritual a San Claudio de la Colombiére. En el último periodo de su vida, elegida maestra de novicias, tuvo el consuelo de ver difundida la devoción al Corazón de Jesús, y los mismos opositores de un tiempo se convirtieron en fervorosos propagandistas. Murió a los 43 años de edad, en 1690.