Natural de la región de Calabrio, nació en el año 910 y falleció el 26 de septiembre de 1004. Se dice que atravesó un periodo de tibieza espiritual en sus primeros años de vida. La muerte de la que fue su mujer y de su hija, así como ciertas episodios dolorosos, le pusieron en esa senda de retorno al Señor.
Su nombre, Nicolás, se cambió por el de Nilo cuando entró en uno de los monasterios bizantinos de la zona. Parece que se extiendo fama de su santidad y acabó siendo nombrado abad del monasterio de San Adrián. Se dice que era buen consejero espiritual y que creció sabiamente en la doctrina cristiana.
Alrededor del año 981, las incursiones de los sarracenos en el sur de Italia obligaron a huir a la abadía de Monte Cassino, por entonces centro de la vida monástica occidental, para de allí llegar a una nueva casa en Serperi, cerca de Gaeta. En el año 998, el emperador Otón III viajó a Roma con el propósito de expulsar a Filagatos, el obispo de Piacenza, a quien el senador Crescencio había instalado como antipapa, en contra de Gregorio V. Nilo se presentó ante el Papa y el Emperador para suplicarles tratasen con benignidad a este antipapa.
Al poco tiempo, el propio Otón visitó el monasterio de san Nilo y dijo de ello: “Estos hombres que viven voluntariamente en pobres chozas, son extranjeros en la tierra, en realidad, ciudadanos del cielo”. En el año de 1004 o de 1005, Nilo emprendió un viaje para visitar un monasterio al sur de Tusculum y, durante la jornada, cayó enfermo. Ahí tuvo una visión de Nuestra Señora, quien le manifestó su deseo de que en aquel sitio estableciese una abadía para sus monjes, obra que fue continuada por sus sucesores, entre ellos, san Bartolomé. Se le atribuyen una serie de profecías sorprendentes sobre la vida de los hombres del siglo XX.