San Juan Crisóstomo se sentía especialmente llamado a entregarse al servicio pastoral. La intimidad con la palabra de Dios, cultivada durante los años de la vida eremítica, había madurado en él la urgencia irresistible de predicar el Evangelio.

A día de hoy se conservan muchas de sus obras: 7 tratados, más de 700 homilías, los comentarios a san Mateo y a san Pablo y 241 cartas. El Papa Benedicto XVI, que lo calificó como un “pastor de almas a tiempo completo”, define su teología como “exquisitamente pastoral” . Famosa fue su predicación durante una rebelión frente al Imperio romano que se recoge hoy bajo un conjunto de homilías denominadas “Homilías sobre las estatuas”.

Después de unos años entregado como pastor a los fieles en Antioquía, fue nombrado obispo de Constantinopla. Reformo la austeridad del palacio episcopal, creo varias instituciones caritativas y prestó especial dedicación al cuidado de los matrimonios y familias, promoviendo a su vez cambios en la liturgia haciéndola más atractiva y participativa para los fieles.

Pastor de la capital del Imperio, a menudo se vio envuelto en cuestiones e intrigas políticas por sus continuas relaciones con las autoridades y las instituciones civiles, incluidas las de la emperatriz Eudoxia. Esto le costó el destierro que se decidió durante un sínodo organizado por el patriarca Teófilo, en el año 403. A su vuelta fue de nuevo perseguido con mayor dureza por seguir denunciando la actitud de la emperatriz. En el año 406 fue desterrado nuevamente a Armenia.

Murió en este destierro, un 14 de septiembre del año 407, día de la Exaltación de la Santa Cruz, en Comana, provincia del Ponto. Los restos del santo obispo, sepultados en la iglesia de los Apóstoles, en Constantinopla, fueron trasladados en el año 1204 a Roma, a la primitiva basílica constantiniana, y descansan ahora en la capilla del Coro de los canónigos de la basílica de San Pedro.

El beato Juan XXIII lo proclamó patrono del concilio Vaticano II.