Nació alrededor del año 1578 en Coimbra, Portugal, no se conocen datos fidedignos de su vida anteriores a su ingreso en la orden jesuita el 14 de noviembre de 1594.

Estudiaba filosofía cuando fue enviado a la misión en Oriente. Zarpo de Lisboa con otros diecinueve jesuitas. Tras unos meses en Goa (India), seguramente acabando el segundo año de filosofía, fue enviado, en 1601, a Macao, donde cursó el tercer año y los tres te teología.

El 29 de junio de 1609 llegó a Japón, participó en un curso de japonés durante dos años, tiempo en el que también colaboró como misionero en Amakusa. En 1612 fue trasladado a la zona de Miyaco (Kyŏto), donde siguió su labor misionera hasta inicios de 1614 cuando la persecución de Tokugawa Ieyaso buscaba la expulsión de los misioneros y a la erradicación del catolicismo del Japón. Atendió en Nagasaki y sus alrededores a las comunidades cristianas hasta noviembre, mes en el que la mayoría de los misioneros fueron expulsados a Macao y Manila.

El 6 de enero de 1615 partió de Macao con destino a Conchinchina (Vietnam) y luego a Turan (hoy Da Nang) con el fin de empezar una misión entre los residentes y emigrados japoneses en aquellas zonas. Para la fiesta de la Resurrección tenían ya edificada una capilla y celebraron los primeros bautizos.

En 1616 regresó a Macao, y luego pasó de nuevo a Japón, a donde ingresó disfrazado. Cuidó un año de los cristianos perseguidos en la región de Õmura y luego partió recorriendo otras regiones, incluida Sendai.

En 1620 pasó a la isla de Exo (Hokkaidō) donde, el 5 de agosto, celebró la primera Misa en la historia de esa isla. Las cartas que él enviaba a Europa, describiendo sus visitas a los nativos ainu, detallaban tan bien la geografía que ayudaron a perfeccionar la cartografía del Oriente que se hacía en el continente europeo.

Al menos desde 1623 fue el superior de la misión en el Japón septentrional. El 8 de febrero de 1624 lo apresaron en Oroshie, no lejos de Mizusawa; debían llevarlo a Sendai, partieron el 10 y llegaron el 17, pese a que en condiciones normales ese camino se lo hacía en tan sólo tres días; el 18 sufrió por primera vez el tormento: lo sumergían en las heladas aguas del río Hirose, al pie de la fortaleza del daimyō Date Masamune. Este tormento lo repitieron el 22, desde las 10 de la mañana hasta casi el medio día, esta vez lo sacaron del río ya muerto.