Desde su nacimiento, la vida de la Beata estuvo marcada por la cruz, que se le revelará progresivamente como el único camino para conformarse con Cristo. La mamá, María Puthukari, la dio a luz prematuramente al octavo mes de embarazo, después del susto provocado por una serpiente que se le enrolló a la cintura, mientras dormía. Ocho días después, el 28 de agosto, la pequeña venía bautizada según el rito siro malabar por el párroco Padre José Chakalayil recibía el nombre de Annakutty, diminutivo de Ana. Era la última de cinco hijos.
Transcurridos apenas tres meses, murió la madre. Annakutty pasó sus primeros años en casa de los abuelos en Elumparambil. Allí vivió un tiempo particularmente feliz para su formación humana y cristiana, durante el cual aparecieron en ella los primeros gérmenes de vocación. La abuela, mujer piadosa y caritativa, le comunicó la alegría de la fe, el amor a la oración, el impulso de la caridad para con los pobres.
El mismo año de 1917 comenzó a frecuentar la escuela elemental de Thonnankuzhy, donde estableció una sincera amistad también con los niños hinduistas. Acabado el primer ciclo de instrucción, en 1920, viene el tiempo de trasladarse a Muttuchira, a casa de la tía Anna Murickal, a la que la mamá la había encomendado antes de morir, como madre adoptiva.
La tía era una mujer severa y exigente, con tratos despóticos y violentos exigía de Annakutty la obediencia a sus más mínimas disposiciones o deseos. Asidua en las prácticas religiosas, acompañaba a la sobrina, pero no compartía la amistad de la joven con las Carmelitas del monasterio vecino, ni sus largas jornadas de oración al pie del altar.
La virtud de la Beata se manifestó en aceptar esta severa y rígida educación como una senda de humildad y paciencia por amor a Cristo, resistiendo tenazmente los reiterados intentos de noviazgo a los que buscaba obligarla la tía. Para sustraerse al compromiso de matrimonio, Annakutty llegó al punto de provocarse voluntariamente una gravísima quemadura, poniendo el pie en brasas ardientes.
Fue el P. Giacomo Muricken, su confesor, quien la orientó hacia la espiritualidad franciscana y para hacerla conocer la Congregación de las Franciscanas Clarisas. El 24 de mayo de 1927 Annakutty ingresaba en su colegio de Bharananganam en el actual territorio de la diócesis de Palai, para asistir como interna a la séptima clase.
En 1934 fue introducido en la Congregación de las Franciscanas Clarisas el noviciado canónico. Deseando comenzarlo de inmediato, la Beata, a consecuencia de su inestable salud, fue admitida hasta el 12 de agosto de 1935.
Hubo una serie de enfermedades dolorosas: una fiebre tifoidea, una pulmonía doble y, lo más grave, un shock nervioso por el susto al ver un ladrón, la noche del 18 de octubre de 1940. El estado de postración física se prolongó cerca de un año durante el cual no estuvo en grado de leer ni de escribir.
En toda situación Sor Alfonsa mantuvo una gran reserva y una actitud caritativa hacia las Hermanas, soportando en silencio sus sufrimientos. En 1945 sus enfermedades tuvieron un ataque violento.
En esta actitud de víctima por amor al Señor, contenta hasta el último momento y con la sonrisa de la inocencia siempre impresa en sus labios, Sor Alfonsa terminó serenamente y con alegría su camino terreno en el convento de las Franciscanas Clarisas en Bharananganam a las 12:30 horas del 28 de julio de 1946, dejando el recuerdo de una Hermana llena de amor y santa.
El 8 de febrero de 1986 Alfonsa de la Inmaculada Concepción Muttathupadathu fue proclamada Beata por el Papa Juan Pablo II en Kottayam, India.